背景
九巴在1986年10月開辦68A線，來往朗屏邨至深水埗，配合朗屏邨在1986年開始陸續入伙而開辦。路線離開朗屏後，沿青山公路及屯門公路行走，並中途設分站直至華都花園，然後駛往青山公路荃灣及葵涌段，以及葵涌道再往九龍，九龍區沿荔枝角道駛入欽洲街往總站。直至1998年5月26日，九巴重組元朗區路線，大部份路線改經大欖隧道往市區，68A線被取消，由68M線北面延長至朗屏，南面延長至葵盛圍取代。
不過，重組計劃實行不久，68M線延長路線使班次不穩，在區議員壓力下，68M線在不足一個月，在1998年6月14日改回來往元朗(西)至荃灣地鐵站。同時，九巴重新營運68A線，但改為只來往朗屏邨至葵興地鐵站，路線依舊途經青山公路及屯門公路。
另外，在68A線取消前，是非空調巴士及空調巴士混合行走的，但重投服務後卻全線以非空調巴士行走，是元朗區最後一條開辦時全線熱狗的九巴路線。此情況直至1999年9月，68A線直接提升至全空調巴士行走。
西鐵通車，延長至青衣
2003年12月，九廣西鐵正式通車，運輸署就西鐵通車後的巴士路線作出重組方案，包括取消客量偏低的63M線，以及早上單向由洪水橋開出往荃灣地鐵站的63P線。此重組在2004年2月22日實行，改動重點如下:
(1) 63M及63P線停止服務；
(2) 為補償青山公路及屯門區往青衣的需要，68A線延長路線至青衣機鐵站，到達葵興後駛往新都會廣場、荃灣路及青荃路往青衣機鐵站(其實此走線是回復63M線在2002年4月更改路線前的走線)；
(3) 為使原63P線的乘客轉用68A線往荃灣後的車費不會增加，68A線往青衣方向增設洪水橋開始的分段收費，當時分段收費為$8.7，與63P線看齊；
(4) 原63M線在青衣的248M和249M線之間的八達通轉乘優惠適用於68A線。
屯門公路轉車站啟用，新增轉乘優惠及更改路線
屯門公路轉車站在2012年12月開始分階段啟用。往市區方向的轉車站在2012年12月26日啟用，最初九巴只安排短途路線59M、61M、67M和68A線，以及長途路線60X、61X、259D、260X及263線停靠轉車站，以及只提供短途路線往長途路線的轉乘優惠，在洪水橋或以後分站上車，並以八達通付款的乘客，只需在轉乘長途路線時補回差額便可。即使在洪水橋之前上車的乘客，也可以優惠價轉乘。
之後，途經屯門公路轉車站的路線數目增加，並在2013年5月開始增設短途線之間的轉乘優惠，乘客乘搭兩程短途路線，只需繳付車費較高的一程。此舉可以使屯門地區更方便前往青衣。
而往屯門方向的轉車站在2013年7月啟用，所有停靠轉車站的九巴路線均可以優惠價轉乘68A線往朗屏方向，而68A線乘客可以在轉車站免費轉乘其他往屯門區的路線。
在屯門公路轉車站全面啟用後，九巴在2013年9月進行屯門區路線重組，當中涉及大幅更改68A走線。當時的改動重點如下：
(1) 68A線青衣開出後不再途經葵芳至大窩口，改為經德士古道直往荃灣。受影響的乘客可以乘搭68A線到屯門公路轉車站轉乘57M、58M、61M或67M線前往大窩口至葵芳段。同時，往朗屏方向到達屏山後，不再駛經宏達路和鳳池路，改經青山公路至元朗廣場後轉入擊壤路、安寧路、媽廟路、宏達路、宏樂街及福喜街往朗屏總站，而往青衣方向則在離開朗屏總站後改經屏會街、安寧路和水邊圍後返回原線。
(2) 取消客量極低的263M線，並增設68A線在元朗轉乘部份途經元朗大馬路或元朗廣場的大欖隧道路線如68X、268B、268C、269D及968線，以補償263M線取消後，沿線原有的大欖隧道轉乘優惠。
(3) 來往屯門大興邨至深水埗的66線亦因客量偏低而在日同取消。
洪福邨入伙，在邨旁自轉一周
洪水橋的洪福邨在2015年開始陸續入伙。在洪福邨如想步行前往青山公路會較遠，而且晚上沿途的燈光會較暗，故會構成危險。在2016年8月，配合「巴士路線發展計劃」的68A線改道部份獲通過，68A線來回繞經洪天路，並在洪福邨服務設施大樓外加設分站，方便洪福居民的出行需要。
新分段收費，沿線乘客受惠
九巴在2020年第一季開始計劃屯門區及元朗區路線的區內雙向分段收費，在指定巴士站安裝八達通車費回贈機。九巴原計劃屯門及元朗兩區其中18條路線，在下車時可以在回贈機退回多付車費。最終在2020年6月，運輸署原計劃只批准一半路線，但經地區議員等壓力下，運輸署最終批准17條路線可以推行雙向分段收費。
最終在2020年8月8日，此八達通分段收費正式推行。乘搭68A線往青衣方向，如在元朗或屯門區設有回贈機的車站下車並拍卡，可獲退回多收的車費。68A線於洪水橋前的分站上車的分段收費，現時為$6.9，和往朗屏方向在屯門大會堂開始的分段收費相同，於洪福邨或以後分站上車者，分段收費現時則為$5.5。
用車演變史
68A在1998年6月重新開辦後，主要以都城嘉慕型11米非空調巴士(S3M)和丹尼士巨龍11米非空調巴士(S3N)行走。1999年9月提升至全空調巴士行走後，最初使用2+2座位的富豪奧林比安型空調巴士(AV)，直至2002年4月後，由於63M線更改路線後客量減少，故63M的丹尼士巨龍型11米空調巴士(AD)和68A線的用車對調。之後一直以丹尼士巨龍和富豪奧林比安型作主力。
在68A線在2013年9月更改路線前，由於宏達路左轉鳳池路的路口過於狹窄，不能使用12米巴士行經該路段，故68A線在2012年加入特低地台巴士行走時，也只能派出10.6米的巴士行走，如丹尼士三叉戟(ATS)。直至2013年9月更改路線後，可以派出12米巴士行走。自此以後，12米的特低地台巴士陸續成為68A線的主力用車，到了2014年更使掛牌車全特低地台化。
隨著12.8米巴士在九巴數量增加，九巴特別為68A線申請使用12.8米巴士行走。最終在2017年2月獲運輸署批准68A線可以使用12.8米巴士，並在同年把部份掛牌車改為12.8米版本的ADL Enviro 500 MMC(3ATENU)型巴士行走。至今九巴一直有派出12.8米Enviro 500 MMC型巴士(歐五版3ATENU，歐六版E6X)行走68A線。