背景
早在1990年代，九巴在良景至建生段開辦早上繁忙時間服務路線258B及258C，單向前往尖沙咀碼頭。另外，九巴在1993年開辦69X線，來往天水圍天瑞邨至紅磡火車站，途經屯門青山公路部份路段，在九龍途經整段長沙灣道及彌敦道，可說是屯門區來往尖沙咀服務的開始。1998年5月，大欖隧道通車後，九巴把69X線改經大欖隧道，不再途經屯門，同時開辦63X線，繼續為屯門居民提供來往尖沙咀的服務。
不過，63X線的最大問題，就是在2009年前，在九龍需要途經整段長沙灣道和彌敦道，無疑需要很長時間才到達尖沙咀。另外，63X線最初在天慈開出，當時全程非空調巴士車費為$10，空調巴士為$14.5，往九龍方向設有屯門分段收費，分別為$9及$12.8，但回程即使前往屯門亦需要付全程車費，故屯門居民由尖沙咀返回屯門一直被迫支付往天水圍的車費。
九巴在2000年8月，取消258B及258C兩線，同時開辦260X線，每日提供服務，最初來往寶田邨至九龍機鐵站，屯門後直達佐敦及尖沙咀。260X線的開辦，卻引來北區的爭議，因為當時北區居民及議員一直爭取270A線(當時九龍總站為九龍機鐵站)延長至尖沙咀，但遭到運輸署否決，同時卻批准九巴開辦屯門的260X線，引來北區人士不滿。
路線開辦初期，屯門及九龍區各自轉一周
和元朗及天水圍的268B線及269B線一樣，260X線途經汀九橋、長青公路、長青隧道、青葵公路及西九龍公路直往佐敦。260X線最初在寶田邨開出後，會先途經建生，然後在良景邨及田景邨一帶自轉一周後往屯門公路，並在紅橋、屯仁街近屯門市廣場第三期、華都花園設有分站。九龍區方面，往九龍方向會途經廣東道、梳士巴利道、漆咸道南、加士居道及佐敦道，往屯門方向則途經廣東道、九龍公園徑、梳士巴利道、彌敦道、眾坊街、上海街及佐敦道後往西九龍公路回屯門區。因此，來往九龍機鐵站的乘客需要在九龍自轉一周才到達。
此路線由於採取更直接走線連接屯門及尖沙咀，而且往屯門方向更途經彌敦道，加上當時車費為$13，和63X線差不多，故吸引屯門區乘客乘搭，即使在260X線服務範圍以外的乘客，亦會在屯門區利用其他路線前往轉乘。因此，260X線很快便在早上及晚上繁忙時間加設多班特別班次，分流乘客，特別班次重點如下:
(1) 早上提供一班由山景開出的班次，以及一班由大興開出的班次，彌補258B及258C線取消後，260X線正常班次未能覆蓋地區的不足，其中山景特別班次在2001年月改為260P線，並延長至旺角雅蘭酒店。
(2) 2003年6月起加設由富泰開出的特別班次，並在2005年9月正名為260A線，改由兆康苑出發，同時改經青山公路嶺南段、新墟段及青山灣段，屯門區最後一個分站設於屯興路的屯門官立中學。
260X線開辦初期，用車主要是11米版本的富豪奧林比安型(AV)以及猛獅24.310型(AMN)，唯前者很快便被調離，後者一直維持，期間並有少量的富豪超級奧林比安型(3ASV)行走。直至2002年第四季，九巴的歐盟三期的12米版本丹尼士三叉戟(ATR)出牌，加上原有的猛獅24.310型巴士載客量極低，只有122人，不足以應付260X線的高載客量，故大部份用車改用丹尼士三叉戟型(ATR)，除部份是新出牌的歐盟三期外，亦有來自其他路線的歐盟二期版本。
2004年: 拉直走線，改以紅磡為總站
九廣西鐵在2003年12月20日通車，最初只來往屯門站至南昌站，但九鐵大幅延長K16接駁巴士線到南昌站，西鐵乘客可以免費轉乘K16線往尖沙咀。不過，西鐵在屯門而言，需先途經元朗才能往市區，加上再轉乘K16線往尖沙咀，往往需要一小時以上，尤其是屯門區大部份地區需要先接駁輕鐵才能到西鐵站，故對260X線的影響有限。
九巴在2004年2月更改260X線總站至紅磡車站，為繼69X線離開屯門後，屯門區再次有巴士路線往紅磡車站。其實九巴早在2002年已計劃更改路線，但當時地鐵將軍澳線通車，將軍澳的93K線和297線會合併為293線，而293線會以紅磡車站為總站。最終在將軍澳居民反對聲音下擱置了此重組計劃，使紅磡車站原保留作293線的位置一直懸空。因此，在屯門區議員認為紅磡車站有空位讓260X線作為總站時，重新提出此改動建議。
路線改動後，往九龍方向按原有路線到達尖東後，會轉入香港理工大學近A棟教學大樓的分站，並以紅磡站為尾站，不再途經佐敦道及九龍機鐵站。往屯門方向，離開紅磡火車站後，會駛往梳士巴利道，並在尖東永安廣場對面，以及新世界中心(現K11 Musea)加設分站後駛往彌敦道按原有路線繼續行走。路線改動後，往屯門方向不再途經廣東道，故九巴在平日下午繁忙時間增設260S線，由麗澤中學開出，按260X線舊路線往寶田。
用車方面，最初260X線大部份用車繼續以丹尼士三叉戟(ATR)及少量富豪超級奧林比安(3ASV)行走。到了2008年5月，政府要求行走彌敦道的特低地台巴士必須符合歐盟三期的排放標準，當時58X、67X及68X線分別因旺角東站或洪水橋洪元路問題，需要使用中軸轉向的巴士行走，加上該三線同時受彌敦道用車排放標準限制，故260X線的歐盟三期版本的丹尼士三叉戟需要調往以上三條路線，而歐盟二期版本則調往其他屯門及元朗路線，同時屯門、元朗及北區路線部份歐盟三期版本的富豪超級奧林比安型(3ASV)則調往260X線，使260X線當時全線掛牌車為此型號巴士。
另外，在2000年代，非法邨巴問題嚴重。當年屯門區有很多未經運輸署批准營運的邨巴服務，當中包括部份是跟260X線行走，並在彌敦道沿線260X線分站兜客。因此，當時九巴在星期一至六下午繁忙時間，會有不少來自屯門區其他路線的柯打車行走260X線往屯門方向，以班次戰術來和非法邨巴對抗。因此，260X在晚上會有很多不同型號的巴士行走。
西鐵南延，多班特別班次取消
港鐵西鐵線在2009年8月配合九龍南線通車而伸延至紅磡，途中加設柯士甸站及尖東站。自此屯門往尖沙咀只需約40分鐘，同時港鐵推出屯門-紅磡全月通，故對260X線及其特別班次客量開始構成影響。
九巴在2009年10月，即西鐵線延長路線後，先後取消260A線特別班次，以及260S線。至於260P線，則在2011年9月取消，並利用原線資源開設來往山景至藍田的早上特別路線258S。不過，260X線的票價遠比港鐵為低，故繼續會有喜愛一程過的散客支持。
加經轉車站，強化轉乘網絡
屯門公路轉車站往九龍方向先在2012年12月啟用，而往屯門部份在2013年7月啟用。260X線在兩方向啟用當日已經加經該站。最初，往市區方向只設有短途路線轉乘長途路線「補差價」轉乘優惠，並在2013年10月改為所有途經轉車站的九龍路線可互相轉乘，兩程車只需繳付較高車費的一程。往屯門方向，260X線乘客可以在屯門公路轉車站及之後分站免費轉乘其他九巴路線往屯門，或以優惠價轉乘53、63X(2014年3月加經)或68A線往藍地以北。
路線用車在2012年開始有所轉變，開始轉用ADL Enviro 500(ATE)和富豪B9TL型(歐三版Enviro 500車身AVBE，歐五版Wright車身AVBWU)，之後ADL Enviro 500 MMC型(ATENU)投入服務後亦開始在260X線行走。2016年，政府在彌敦道設置低排放區，但不包括260X線沿線路段，故260X線暫時需要把歐盟五期巴士調往其他路線，待更多新車被編配到屯門車廠時乎重新安排新車行走260X線。而富豪B8TL型(V6B)曾短暫主力行走260X線，但很快被調往其他路線。
2018年9月，配合高鐵西九龍站投入服務，260X線往九龍方向加經西九龍站，車站設於柯士甸站的D出口附近，往屯門方向則在佐敦道近西九龍站加設分站。因應乘客量高，九巴為260X線申請使用12.8米巴士行走，最終在2019年獲批准，現時260X線大部份用車為12.8米版本的ADL Enviro 500型(歐六版E6X)，直至2022年，九巴購入的12.8米版本MAN A95型(M6EX及M6FX)，亦全數撥入260X掛牌車，直至2024年，其中一輛披上龍年車身色彩，主力行走960線。
屯門新回贈式分段，全港首創
九巴在2020年第二季開始在屯門及元朗區部份分站裝設八通達回贈機，並經運輸署批准申請，在兩區共17條路線實行新區域性分段收費，當中包括260X線。乘客乘搭往紅磡方向的260X線，上車時八達通會先被扣除全程車費，然後在設有車費回贈機的車站下車並再次確認八達通，可享分段收費$4.8，即會回贈差額。初時九巴在良景及建生一帶設有多個宣傳橫額及易拉架，宣傳可以在華都花園下車享用此分段收費往屯門市中心。
其實，260X線開辦時，往屯門方向已設有由屯門市廣場開始的分段收費，收費比輕鐵為低。由於路線途經屯門市廣場及新墟街市，屯門市廣場內有吉之島百貨及家樂福超市(家樂福在260X線開辦後不足一個月結業)，而260X線走線比輕鐵直接及快，故有不少沿線居民在購物後乘搭260X回家。往九龍方向的新分段收費，正好可以方便他們到屯門市中心一帶。
到了2021年4月，九巴看準屯門市廣場將會有極受香港人歡迎的日本超市Don Don Donki進駐，開始為途經屯門市廣場的路線的分段收費作宣傳，當中包括260X線。事實上，260X線為香港各專營巴士路線當中，首條途經兩間Donki門口的路線，因為此路線往寶田方向，除了本段所述的屯門市廣場分店外，還途經全港首間，即尖沙咀美麗華商場分店門外。
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