背景
三號幹線(郊野公園段)，包括大欖隧道在1998年5月25日下午正式通車，九巴除53線外，所有元朗或天水圍來往市區的路線在翌日改行大欖隧道，此舉使屏山至藍地失去大量往市區的巴士路線。九巴為補償屏山至藍地段的乘客，在重組路線當日開辦兩條路線，其中一條是來往元朗(東)往青衣機鐵站，途經荃灣及葵涌的63M線。
路線初期，數條合一
63M線最初在元朗(東)開出，途經青山公路至藍地後駛往屯門公路，並沿途設置分站，直至華都花園站。到了荃灣後途經青山公路及葵涌道，再途經新都會廣場外，然後駛入荃灣路及青荃路往青衣機鐵站。由於路線開辦初期，青衣機鐵站仍未啟用，故最初路線會在葵芳駛入荃灣路，並臨時以荃灣碼頭為總站，直至1998年6月22日，地鐵東涌線通車才正式以青衣機鐵站為總站。
另外，63M線和同日開辦的63X線，是以空調巴士和非空調巴士混合行走的。
由於青山公路屏山至藍地段一夜間由有三條路線(64M、68M和69M線)往荃灣及葵涌一帶，減至只剩下一條63M線途經，故63M線最初客量十分高，即使早上繁忙時間，和主客流量相反的往元朗方向亦會爆滿。最後，九巴在1998年6月再重組元朗和天水圍路線時，重新開辦68A線，但改為只來往朗屏邨至葵興地鐵站，才舒緩63M線的壓力。
改為特快線，不再途經荃灣和葵涌
63M線和263M線在2002年4月進行重組。63M線提升至全空調巴士行走，同時不再途經荃灣至葵涌，在屯門公路深井段後，改為駛經汀九橋及青衣北岸公路往青衣機鐵站，在青衣仍然只設青衣機鐵站一站，同時263M線加經荃灣，試圖改善263M線客量。
不過，此重組卻使到63M和263M線客量雙雙變得偏低，原因如下：
第一，在上一集已提及過，263M線在青山公路採取和其他路線相反方向行走，故乘客普遍不會特地等候263M線，加上263M線班次十分疏落，在非繁忙時間要20分鐘以上才一班車，使乘客更為卻步。
第二，63M線在青衣只設一站，和同是途經汀九橋往青衣的264M和279X線不同。後兩者在青衣會先途經青衣西路和青敬路，並在沿途屋苑設置分站，服務範圍比63M線廣闊。雖然元朗和屯門乘客可以乘搭63M線到青衣站轉乘地鐵往市區，但青衣站接駁的地鐵東涌線一來班次比荃灣線疏落(當時非繁忙時間普遍為十分鐘一班車)，二來東涌線服務範圍較少，往九龍大部份地區需要在荔景轉車(不過往港島可以直接往香港站轉乘港島線，但轉車路程會比金鐘站轉乘長得多)，故此較少乘客會接受到往青衣轉車。
路線取消
由於63M線的客量在更改行車路線後，客量變得偏低，運輸署在2003年就西鐵通車進行巴士路線重組方案，當中提及63M線會在西鐵通車後取消。同時，為補償沿線往青衣乘客的需要，當63M線取消的同時，68A線會延長至青衣機鐵站。
最終63M線在2004年2月22日停止服務，同時68A線改以青衣機鐵站為總站。其實，68A線延長路線後的行車路線，正正就是回復63M線開辦初期的走線。
用車演變史
63M線在開辦初期是「冷熱混合」行走。非空調巴士主要使用梅斯平治O305型(ME)、都城嘉慕型11米(S3M)和丹尼士巨龍型11米(S3N)。空調巴士則主要使用丹尼士巨龍型11米(AD)。
在提升為空調巴士後，由於68A客量較63M線為高，故63M和68A線對調用車，63M線改用富豪奧林比安型11米空調巴士(AV)為主力用車，直至路線取消。