行車片段:
背景
蝴蝶邨、湖景邨和兆山苑在1980年代初期陸續入伙，對進出市區的交通需求日漸提高，九巴在1983年5月開辦59M線，最初來往蝴蝶邨至荃灣地鐵站，並於1988年7月遷往現時屯門碼頭總站，即海翠花園的地面。
路線演變史
最初59M線來往蝴蝶邨至荃灣地鐵站，途經湖翠路及龍門路。由於當時皇珠路仍未建成，故59M線必須途經杯渡路及屯門市中心往荃灣，並途經屯門公路及青山公路荃灣段。直至1986年1月，皇珠路建成後，59M線跟隨59A線改經該處直往屯門公路，而青雲路、杯渡路及屯門市中心一段往荃灣服務，分別由57M及66M線改道而取代。此路線一直維持至今。
1988年9月25日，輕便鐵路正式通車，同日政府實施「輕鐵專區法例」，59M線往荃灣方向，屯門區各站只准上車，往屯門方向則在屯門區各分站只准下車。此舉受到屯門區居民和議員不滿，認為政府為保障輕鐵收入，強迫市區乘搭輕鐵來往屯門及元朗區內。政府為平息居民及議員的不滿，特准九巴在屯門碼頭開辦59X線，並不受當年「公共交通協調政策」中，南不過深水埗的限制，以旺角火車站(即現時旺角東站)為總站。
沿線多個私人屋苑在2000年前相繼落成，包括海翠花園、新屯門中心及龍門居，因此愈來愈多乘客會使用59M線往荃灣，再轉乘地鐵往返市區。因此，九巴在早上繁忙時間，加設多班特別班次，包括由新屯門中心起載，以及加開由悅湖山莊開出的特別班次，以應付龐大的乘客量。在90年代，晚上在荃灣地鐵站等候59M線往屯門的乘客非常多，經常出現「打蛇餅」的情況，九巴安排59M線在兩邊總站，停泊在總站最邊的坑位，使乘客可以有較多的空間等候，保障乘客等候巴士時的安全。
空調巴士服務在1993年10月提供，而屯門區的全空調服務工作在2001年9月開始展開，當中59M線在2003年1月，與同是來往屯門至荃灣地鐵站的66M線提升為全空調巴士服務。九巴當時為路線提升為全空調巴士時，同時重新計算車費，以原先的非空調巴士車費乘1.3倍，以及原先的空調巴士車費，兩者取其低成為新車費。當時59M線的非空調巴士車費為$5.3，經計算後即$6.9，低於原空調巴士車費$7.5，故新車費為$6.9。
設立轉乘優惠，遍佈全港各區
首組和59M線推出的八達通轉乘優惠，是2002年第一季推出和城門隧道路線的轉乘優惠。乘客乘搭59M線到荃灣，轉乘城門隧道路線，可享轉乘優惠，路線遍佈沙田、大埔及北區，並可與城門隧道轉車站的轉乘優惠同時使用(事實上，城門隧道轉車站為封閉式車站，乘客只能使用途經該站的巴士進出，故該站可以使用現金轉乘，而八達通收費器在該站，是以分段收費方式讓乘客補車費轉乘，如是免費轉乘，乘客直接上車，不用確認八達通)。
同年下半年，九巴再推出59M線轉乘指定荃灣區內路線31、36、235及238M線。當中238M線的車費比九巴提供的轉乘優惠金額為低，故如乘客先乘搭238M線往荃灣地鐵站，再轉乘59M線往屯門碼頭，車費反而會比直接乘搭59M線為低。
屯門公路轉車站在2012年12月，先啟用往九龍方向，59M線為首批增設該站的路線之一，並提供短途路線以「補差價」方式轉乘長途線60X、61X、259D、260X及263線。2013年5月，九巴增設短途路線之間可以以同樣方式轉乘，並可以在荃灣區才轉車，方便乘客轉乘58M、61M或67M線往葵涌。往屯門方向的轉車站在2013年7月啟用，乘客可以乘搭停靠該站的九巴路線，並於屯門公路轉車站及之後的分站轉乘59M線往屯門碼頭，次程可免費轉車。
隨著過海路線960及961線在2013年9月加停屯門公路轉車站，59M線的轉乘網絡伸延至港島。雖然59M線沿線有城巴962及962X線往港島，但前者需要一直停站，直至青山公路的大欖涌站，而後者則需繞經置樂花園，十分費時。因此，除非乘客需要前往銅鑼灣，否則使用59M線轉乘960或961線前往港島，雖然車費較高，但可以節省時間。
而龍運巴士E33線的屯門公路轉車站轉乘優惠在2013年10月推出，乘客先乘搭59M線往荃灣，再轉乘E33線往東涌及機場，次程可獲$4車費優惠，相反方向亦然。屯門碼頭區一帶雖然有E33P線前往東涌及機場，也設有渡輪服務到東涌碼頭，然後轉乘城巴S56線往機場，但服務時間有限，故此轉乘優惠在兩項服務時間以外會較有用。此轉乘優惠於2020年12月28日，E33線改經屯門赤臘角隧道而停止。不過，屯門碼頭區從此可以直接乘搭E33、E33P、A33或A34線前往北大嶼山。
2015年12月，九巴重組屯門碼頭路線服務，當中包括減少早上繁忙時間由新屯門中心開往尖沙咀的259C線班次，另外縮短59A線至葵涌，並改為只在星期一至五提供服務。九巴特設59M線轉乘234X線的轉乘優惠，並減低59M線轉乘59X、60X及67X線的總車費，使車費不會高於原59A線往九龍的車費。
2016年11月，龍運巴士推出機場A線轉乘九巴獨營路線的轉乘優惠，優惠金額為九巴車程的車費，最高為$6。59M線沿線其實已經有A33線提供來往機場的服務，但2020年COVID-19肆虐，多國採取入境限制，導致飛機航班大幅減少，使用機場A線的乘客量急降，龍運巴士臨時把A33線改為只於每日兩方向各開出一班車，同時安排A33P及A33X線加經屯門公路轉車站，取代A33線於該站的角色，直至2020年12月28日，A33及A33X線改經屯門赤臘角隧道為止，同時A33P線停止服務，由新增的A34線取代。
九巴投得的「將荃線」290及290A線在2015年3月投入服務，及後開辦290B及290X線。九巴在2017年為延續專營權，向政府承諾提供多項轉乘優惠，當中包括59M線轉乘本段提及的四條路線的轉乘優惠，讓乘客可以以更低車費前往九龍東及將軍澳。
增設雙向分段收費，但作用有限
九巴在2020年8月推出八達通屯元天雙向分段收費計劃，並於2021年4月作出擴展，當中包括59M線。不過，沿線只限龍門站設有車費回贈機，但因該站的設計問題，回贈機設於對面的富健花園分站。
用車演變史
最初59M線和大部份屯門區路線一樣，主要使用利蘭勝利二型(G)行走，並在80年代後期，配合乘客量增長，改派三軸11米版本的利蘭奧林比安型(S3BL)，直至路線在2003年提升至全空調巴士服務。
空調巴士服務於1993年提供服務，當時使用三輛空調巴士行走，主要使是利蘭奧林比安型(AL)及丹尼士巨龍型(AD)，並在90年代後期加入富豪奧林比安型(AV)行走。
特低地台巴士在2001年開始加入行走，當時所有空調巴士用車轉用Neoplan Centroliner型(AP)行走，並長期維持。
隨著Neoplan Centroliner型(AP)的車齡漸高，九巴在2013年開始改以英國製巴士作用59M線的主力用車，包括富豪超級奧林比安型(3ASV)及丹尼士三叉戟型(ATR)。
而歐盟五期排放標準的巴士期後開始成為59M線的主力，先是富豪B9TL型(AVBWU)，再是ADL Enviro 500 MMC型(ATENU)，而後者更是現時的主力車款。運輸署在2016年批准59M線可以使用12.8米巴士行走，現時部份用車為12.8米版本的ADL Enviro 500 MMC型(3ATENU)。
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