背景
政府在1980年代發展屯門新市鎮，當中湖景邨和兆山苑、蝴蝶邨分別在1982年及1983年開始入伙，九巴開始增設區外巴士往荃灣等地。59X線在1988年9月開辦，當時因為輕鐵專區法例生效，九巴的屯門及元朗區內線需停止服務，或交由九廣鐵路接手營辦。同時，專營巴士在屯門及元朗區的車站，往市區/北區方向只准上客，而往屯門/元朗方向則只准落客，此舉使屯門及元朗區內居民及議員十分不滿，認為政府強迫居民乘搭輕鐵來往區內。
當時政府實行「公共交通協調政策」，新界往九龍市區的路線，如非在市中心開出，九龍區總站不准超越深水埗。不過，政府為平息因輕鐵專區法例而引起的屯門區居民及議員的不滿，特准屯門區開辦三條往九龍的特快路線在九龍以旺角為總站，除上集所講述的67X線外，還包括59X線和66X線。
59X線來往屯門碼頭至旺角火車站(現港鐵旺角東站)，屯門區途經湖景路、湖山路及龍門路，然後途經皇珠路、屯門公路、荃灣及及葵涌道。九龍區首站設於美孚，再途經長沙灣道及彌敦道，最後經旺角道往旺角火車站。此路線走法除1998年彌敦道太子段因需進行排水道改善工程，往屯門改向需暫時改經荔枝角道及黃竹街返回原有路線外，其他走線不變。
最終路線在1988年9月18日開辦，並在屯門區實行上落客限制，九巴有在各站設置指示牌說明該站屬輕鐵專區，不准上/落客。此安排直至1993年6月1日，政府修改輕鐵專區法例，59X線沿線所有分站均可上落客。另外在80年代，九巴的X線是不設小童半價優惠，但在1991年3月調整票價時取消此限制。
沿線發展，客量不停增長
由於59X線沿途經過多個人口密集的地區如湖景邨及兆山苑，而蝴蝶邨及美樂花園居民亦會步行前往乘搭此路線，因此客量一直高企。路線開辦初期主要以兩軸巴士如利蘭勝利二型(G)行走，但很快便加入三軸巴士如利蘭奧林比安11米(S3BL)及都城嘉慕11米(S3M)，配合路線的高客量。
空調巴士在1991年7月開始在59X線上行走。當時九巴開辦兩條早上繁忙時間路線259B及259C，單向分別由屯門碼頭及新屯門中心往尖沙咀，並使用空調巴士行走。九巴為善用259B及259C線的資源，在早上繁忙時間後，該兩線的巴士會調往59X線行走。當時主要使用11米版本的利蘭奧林比安(AL)及丹尼士巨龍(AD)，其後59X線陸續有自己的空調巴士掛牌，不再依賴其他路線。
到了90年代中期，59X線不論是非空調巴士還是空調巴士均獲派較新的車輛行走。非空調巴士主要是較新批次的丹尼士巨龍(S3N)以及富豪奧林比安(S3V)。空調巴士則是3+2版本及2+2版本的富豪奧林比安11米(AV)。到了2000年左右，特低地台巴士開始在59X線上行走，主要是暫時過檔的龍運巴士，並改上九巴色彩的丹尼士三叉戟(1XX)行走。
由於沿線屋苑在90年代陸續入伙，包括1990年的新屯門中心，以及1998年開始入伙的龍門居及富健花園，因此九巴在早上繁忙時間加設由新屯門中心及龍門居開出往九龍的特別班次，分流乘客。
提升至全空調，為屯門區首批受惠路線
九巴屯門區路線在2001年9月30日開始陸續提升至全空調巴士服務。首三條獲提升至全空調巴士服務為往旺角火車站的58X、59X及67X線。當時九巴在路線提升為全空調巴士時，會重新計算車費，以當時的非空調巴士車費乘1.3倍計算，和原先的空調巴士車費比較，兩者取其低，成為新的車費。當時59X線原先的非空調巴士車費為$8.2，經以上算式計算後得出新空調巴士車費為$10.7，低於原先的空調巴士車費$11.8，故車費獲得調低。
在59X線提升為全空調巴士的同時，路線大量引入特低地台巴士。當時主要以新出牌的KF牌富豪超級奧林比安12米(3ASV)作部份掛牌車，另保留部份富豪奧林比安(AV)。雖然如此，路線在2000年代一直仍有使用3+2座位的利蘭奧李比安(AL)及丹尼士巨龍11米(AD)作為特見車。
2010年代：更環保車隊，並加設區內轉乘
踏入2010年代，59X線改以更環保的巴士行走，並在2013年10月加停屯門公路轉車站，和屯門區內路線作互相轉乘。
屯門公路轉車站在2012年12月先啟用往九龍方向部份，並在2013年7月啟用往屯門部份。59X線在2013年10月5日加停該站，並和同站的九巴路線作轉乘優惠。現時乘客可以利用八達通作轉乘，兩程車費只計算較高收費的一程，另乘客亦可選擇在屯門公路轉車站後的其他分站作轉乘，可享用同樣的轉乘優惠。
路線用車在2012年開始更環保。在歐盟五期排放標準的富豪B9TL型(AVBWU)和ADL Enviro 500 MMC型(ATENU)在九巴投入服務後，成為59X線的主力用車，2017年開始出牌的紅色車身版本亦在此線開始行走。由於政府在2016年開始實行彌敦道近荔枝角道的低排放區，行經該處的專營巴士必須達至歐盟四期標準，並在2020年收緊至歐盟五期，故59X線現時主要使用ADL Enviro 500 MMC型行走。
2019年，四輛紅巴2.0，包括三輛Gemilang車身的富豪B9TL型(AVG)，以及一輛MAN A95(AMNF21/VT3317)投入服務已成為59X的掛牌車，唯已調往其他路線。
2020年第三季，59X線獲批准使用12.8米巴士行走，所以開始出現12.8米版本的ADL Enviro 500 MMC型(歐五版3ATENU，歐六版E6X)，以及富豪B8L型(V6X)行走。
加入雙向分段，但範圍有限
九巴在2020年8月8日，在屯門、元朗及天水圍推行屯元天雙向分段計劃，但當時屯門碼頭區仍未及惠，直至2021年4月，九巴加價的同時，把此計劃擴展至更多屯門及天水圍的路線，當中包括59X線。不過，在59X沿線，只有龍門站能受惠於此計劃，但由於該站的設計問題，運輸署要求九巴把回贈機安裝在對面的富健花園分站。
乘客利用八達通，乘搭往旺角方向的59X線，於龍門站下車並於對面富健花園站的回贈機再次確認，可享有$4.8的分段收費，即會回贈多付車費。
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