背景
三號幹線大欖隧道段在1998年5月25日下午通車，九巴在翌日重組天水圍及元朗路線。在重組前，九巴在元朗曾營運第一代268B線，在星期一至六早上繁忙時間單向由元朗(東)往尖沙咀碼頭，途經青山公路至藍地後轉入屯門公路往九龍，不過路線不會途經天水圍。
在重整路線時，九巴取消第一代268B線，並開辦269B線，來往天水圍市中心至紅磡碼頭，並提升至每日全日服務，改動重點如下：
(1) 269B線同時服務天水圍及元朗大馬路。在天水圍市中心開出後，途經嘉湖北、天頌苑、天瑞邨及天耀邨，然後經朗天路往水邊圍村山水樓及元朗大馬路後途經大欖隧道往九龍。九龍區則途經汀九橋、長青隧道、長青公路及西九龍公路直達佐敦，首站設於柯士甸道。往紅磡方向途經廣東道、梳士巴利道、漆咸道南、加士居道、蕪湖街及德民街，往天水圍方向途經紅磡南道、機利士南路、加士居道、康莊道、梳士巴利道、彌敦道、眾坊街、上海街及佐敦道。
(2) 因應269B線開辦，原有69X線在改經大欖隧道同時，縮短九龍區總站至佐敦道碼頭，在彌敦道近裕華國貨直接轉入佐敦道，不再途經尖沙咀及紅磡。
(3) 九巴在大欖隧道增設轉乘優惠。乘客乘搭停靠大欖隧道的九巴路線，到了大欖隧道轉車站落車時會獲發轉車票。往九龍方向，乘客由其他路線憑轉車票可以補$7轉乘269B線，往天水圍方向則可憑轉車票免費轉乘。轉車票制度其後取消，改為八達通轉乘。
在西鐵通車前，269B線是最直接來往尖沙咀至元朗區的途經，因此乘客量不錯，九巴更需要在早上繁忙時間增設由天水圍直往元朗公路，以及由山水樓起載的特別班次，分流客源。
最初用車以12米的丹尼士巨龍型(3AD)為主。踏入2000年代，269B線增設特低地台巴士，最初是富豪超級奧林比安型(3ASV)，並在2003年加入當時新出牌的ADL Enviro 500型(ATE)行走。
2004年: 分兩階段分拆路線
西鐵通車後，九巴在2004年2月2日重整元朗及天水圍往尖沙咀的路線服務，主要改動如下:
(1) 269B線不再途經元朗，在天水圍後直接駛往元朗公路，元朗段由新開辦的268B線取代。最初兩線只在星期一至六繁忙時間行走，直至同年9月才改為兩線每日全日服務。
(2) 在過渡期內，268B線及269B線服務時間以外開設69B線，行回原269B路線。
另外，近嘉恩街的原天水圍市中心總站在2004年8月因發展柏慧豪園而需要搬遷，臨時總站設於天恩路和天榮路交界位。直至2008年3月，天水圍市中心總站遷回原有地點，但已改為室內總站。
因應乘客需求，九巴在2005年10月，增設在星期一至五在天恩邨開出的天水圍北特別班次，由當時新啟用的天恩邨巴士總站開出，途經天華路、天秀路和濕地公園路後前往九龍，不停天水圍南。不過在嘉湖北議員的壓力下，最終在2005年11月加途嘉湖北。
客量下滑，並多次修改路線
2009年8月，港鐵西鐵線配合九龍南線通車而延長路線至紅磡，並增設柯士甸及尖東兩站。由天水圍站前往紅磡站只需約30分鐘，而西鐵線一直設有免費轉乘輕鐵和港鐵巴士優惠，加上天水圍各地能方便頻密使用接駁服務轉乘，而且在屯門-紅磡全月通的推廣優惠下，天水圍的乘客開始流向使用鐵路服務往尖沙咀及紅磡，導致269B線客量下降，尤其是原設有的天慈開出的特別班次下降幅度為甚而被取消。因此，269B線班次不斷被削減，現時非繁忙時間及星期六/日，更是20至30分鐘才開出一班車。
而路線方向，九巴先後更改兩個方向的尖沙咀往紅磡的途經路段。現時已改至往紅磡方向途經整段梳士巴利道後轉入紅磡繞道、紅荔道及紅磡南道，並在2019年配合紅磡碼頭搬總站改以紅磡紅鸞道為總站。往天水圍方向，則途經紅磡南道及紅磡站後返回梳士巴利道。另外，高鐵西九龍站在2018年9月啟用，269B線往九龍方向繞經西九龍站，車站設於柯士甸站近D出口，往天水圍方向則在佐敦道近西九龍站旁加設分站。
踏入2010年代，九巴的歐盟五期排放標準巴士投入服務，當中包括ADL Enviro 500 MMC型(ATENU)及富豪B9TL型(AVBWU)，並開始成為269B線的主要用車。直至此文發出當時，269B線全以ADL Enviro 500 MMC型為主力掛牌用車。
區域性雙向分段，為九巴首創
九巴在屯門及元朗兩區推行區域性八達通雙向分段計劃，給往返區內乘客在輕鐵以外有多一個選擇。此計劃在2020年8月8日正式推行，當中涉及包括269B線在內的17條屯門及元朗區路線。乘客在天水圍利用八達通乘搭往紅磡方向的269B線，上車時先被扣全程車費，後到設有八達通車費回贈機的車站下車及在該機再次確認，可享分段收費$4.8，即會回贈差額。
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