背景
九廣西鐵在2003年12月20日正式通車，九巴在2004年2月8日，根據運輸署的「西鐵啟用後的公共交通服務計劃」中的部份重組內容，開辦61M線，來往友愛(南)至荔景北，途經屯門鄉事會路、屯興路、青山公路青山灣、掃管笏及大欖段及屯門公路往荔景。荃灣及葵涌段主要途經青山公路荃灣段、葵涌道及荔景山路。路線至今仍然維持。
當日並有以下重組重點:
(1) 來往井財街至葵芳地鐵站的52M線取消，置樂花園至葵芳段由61M線取代，而華都花園至井財街段則繼續由67M線提供服務。
(2) 來往友愛(南)至長沙灣的60線取消，同時加設61M線轉乘60M線的轉乘優惠，讓豐景園至安定及友愛一帶乘客不用漫遊青山公路往葵涌。
(3) 來往三聖至荃灣地鐵站的261M及262P線取消，同時61M線提供上午由三聖開出往荔景(北)的特別班次，及下午由荃灣地鐵站開往友愛(南)的班次，下午特別班次上車站位於荃錦中心，前261M線上車地點。兩項特別班次在2011年9月取消，並調整常規班次取代。為使原261M及262P線的乘客轉用61M線的車費不會提高，61M線的空調巴士收費定於$7.5，比同是來往屯門及荃涌一帶的57M、58M及67M線為低。
最後的冷熱混合新線
61M線為九巴在屯門區，以至全九巴路線中，最後一條開辦時設有非空調巴士行走的路線。當時九巴雖然開始為屯門區路線進行全空調巴士服務工作，但當時61M線仍提供非空調巴士服務，有說是沿線居民要求繼續提供車費較低的非空調巴士行走，故九巴繼續使用原52M及60線的非空調巴士行走61M線。
不過，61M線的非空調巴士服務只維持了兩年多，在2006年8月提升至全空調巴士服務。當年九巴在路線提升至全空調巴士服務時，會重新計算車費，以原空調巴士車費，以及非空調巴士車費乘1.3倍計算，以較低者為準。當時61M線的非空調巴士車費為$6，即經計算的新車費原本應是$7.8，但原空調巴士車費為$7.5，低於經計算後的新車費，故路線全程車費仍然為$7.5，比同區其他同類路線車費稍低。
設多項轉乘優惠，遍佈全港多區
由於61M線由屯門區多條路線重組而成的新路線，故部份轉乘優惠是由舊有路線帶到61M線繼續提供，同時提供多項轉乘優惠，彌補屯門區原有路線取消而受到影響的乘客。除了上文所提及的60M和61M線之間的轉乘優惠外，61M線還有以下轉乘優惠：
首先是城門隧道轉乘優惠。雖然九巴當61M線開辦時已提供263線，每日來往屯門西鐵站至沙田火車站服務，但61M線沿線只有首數站的乘客可以乘搭263線前往沙田。因此，61M線繼續提供原有52M線在荃灣轉乘城門隧道的路線，方便青山公路一帶乘客前往沙田、大埔及北區，並可和城門隧道轉乘優惠同時使用(城門隧道為封閉式轉車站，乘客只能利用途經該站的巴士進出，而該站的轉乘優惠實際上是使用八達通分段收費方式進行，而且當次程是免費轉乘時，乘客不用再次確認八達通卡也可以直接上車)。
除了城門隧道路線轉乘優惠外，還繼承了原52M線轉乘荃灣及葵青區區內路線31、32M、36、235及238M線轉乘優惠。
2004年4月，因應九巴66線九龍區總站由奧運站縮短至深水埗，九巴增設61M線轉乘33A及37線的轉乘優惠，讓原本乘搭66線來往屯門至九龍的乘客車費不會增加。不過，66線沿線大部份乘客其實可以乘搭60X或66X線前往九龍。
2012年12月，屯門公路轉車站開始啟用，先啟用往九龍方向。61M線為首批停靠該站的路線之一，並提供由短途路線以「補差價」方式轉乘長途路線60X、61X、259D、260X或263線。2013年5月，九巴加設短途線之間可以使用同樣方法轉乘，此舉方便往新都會廣場及葵涌廣場一帶的乘客轉乘58M或67M線，或是往青衣的乘客可以轉乘68A線。往屯門方向的轉車站在2013年7月啟用，乘客乘搭任何停靠屯門公路轉車站的路線，可免費轉乘61M線。此轉乘優惠可以在屯門公路轉車站或以後的分站轉車，同樣可享有轉乘優惠。
2013年4月，九巴在荃灣重組路線，包括取消客量低的32B線，並更改36線走線。部份原由61M線轉乘36線往目的地的乘客受到影響，九巴在48X線往沙田方向加大轉乘優惠金額。乘搭61M線往荔景方向，於大窩口站轉乘48X線往沙田方向，次程近乎免費。此舉旨在方便受36線改線影響的乘客，但如果乘客使用此轉乘優惠前往沙田，車長通常不會理會，因此部份乘客可能會「搭平車」利用此組轉乘優惠前往沙田。
2013年9月，九巴因應香港部份辦公室及政府部份開始實行五天工作周，屯門往九龍的晨早特快路線如252B、260B及261B線等等在星期六的客量下跌，九巴把252B、259B、259C、260B、261B及267S線的星期六服務取消。同時，61M線提供和234X線的轉乘優惠，旨在補償原本星期六需要使用本段提及的晨早特快路線，以及同時取消客量極低的66線的乘客，同時提供59A和61M線間的轉乘優惠，補償原66線的乘客前往九龍。
2013年10月，龍運巴士E33線推出屯門公路轉乘優惠，當中包括61M線。乘客可以乘搭61M線往荔景方向，再於屯門公路轉車站轉乘E33線前往東涌及機場，次程可獲得減收$4優惠，相反方向亦然。此組轉乘優惠只能在屯門公路轉車站進行轉乘，否則會分開按兩程車收取由該站上車站的車費全費。此轉乘優惠組合於2020年12月28日，因E33線改經屯門赤臘角隧道及轉車站而停止，沿線乘客可繼續乘搭A33線前往機場，或於屯門赤臘角隧道轉車站轉乘其他E線前熬東涌及機場後勤區。
2015年3月，九巴投得的「將荃線」290及290A線投入服務，其後更開辦290B及290X線。現時九巴有提供61M線轉乘本段提及的四條路線的轉乘優惠，此舉可以讓乘客以更低的車費來往屯門及東九龍或將軍澳。其實，九巴早就提供61M線和42C線之間的轉乘優惠，乘客可利用此優惠來往屯門及東九龍，為屯門區M線當中唯一一條提供此優惠的路線。
2015年12月，九巴再次重組屯門區路線，當中涉及59A線改為只在星期一至五提供服務，並縮短路線至葵涌。由於59A線不能再到達九龍，原59A和61M線的轉乘優惠改為和36A線進行。
增設雙向分段收費，並借Donki作宣傳
九巴在2020年8月，推出八達通屯元天雙向分段收費計劃。此計劃於2021年4月，擴展至更多的屯門及天水圍路線，當中包括61M線。九巴在部份黃金海岸或之前的分站，安裝八達通車費回贈機。乘客乘搭往荔景方向的巴士，會先在車上扣除全程車費，當他們到了指定車站，並在車站的回贈機再次確認時，可享分段收費，即回贈多收的車費。
極受香港人歡迎的日本超市Don Don Donki，在雙向分段計劃擴展前，已確實會於屯門市廣場開業。九巴看準這個商機，大力宣傳來往屯門市中心路線的分段收費，當中包括61M線，乘客可以在屯門官立中學站下車，並步行到屯門市廣場購物。
用車演變史
61M線最初是以非空調巴士及空調巴士混合行走。非空調巴士主要使用原本52M及60線的用車，如11米版本的都城嘉慕型(S3M)及利蘭奧林比安型(S3BL)，並一直維持直至2006年8月，路線提升至全空調巴士服務。
空調巴士方面，路線最初使用11米版本的富豪奧林比安型(AV)及丹尼士巨龍型(AD)，不久後加入特低地台巴士行走，最初使用MAN 24.310型(AMN)，並一直維持至2010年中期。
由於原有的空調巴士進行退役期，九巴在2010年中後期開始，改派較新型的巴士如12米版本的富豪超級奧林比安型(3ASV)及歐盟五期版本的B9TL型(AVBWU)，並曾派出歐盟三期版本的丹尼士三叉戟型(ATR)。
雖然61M線曾以ADL Enviro 500 MMC型(ATENU)作為主力用車，但直至本文發出為止，路線全線主力使用高載客量版本的富豪B9TL型(AVBWU)作為掛牌車。不過，由於61M線無需途經低排放區，故屯門車廠的歐盟三期的丹尼士三叉戟型(ATR)在退役前經常會在61M線行走。
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