背景
1992年，天水圍首個公共屋邨-天耀邨開始入伙，其他早期的住宅屋苑如嘉湖山莊首期及天瑞邨亦在1993年開始入伙。1992年4月，九巴在天水圍新市鎮開辦首兩條巴士路線-64M及69M線，前者最初在非繁忙時間來往天耀及荃灣碼頭，1993年改為繁忙時間服務，並於1997年提升為全日服務，最終在2004年4月，因九廣西鐵通車，客量減少而停止服務，由69M線增設由天耀往葵芳的分段收費取代，後者最初來往天耀至荔景(南)，只在繁忙時間提供服務，1993年提升為每日服務並延長至天瑞邨，經過多次更改路線，現時69M線來往天水圍市中心及葵芳站。
路線演變史
最初69M線來往天耀至荔景(南)，途經青山公路洪水橋及藍地段，以及屯門公路、青山公路及葵涌道。1993年2月，配合天瑞邨入伙，69M線延長至天瑞，並途經嘉湖山莊賞湖居。荔景(南)總站在1995年因需進行機場鐵路工程而封閉，同時69M線縮短路線至葵芳地鐵站，並一直維持至今。另外，69M線最初和64M線的服務時間不同，故69M線由天瑞開出，會繞經天耀總站，此安排在2008年5月才取消，改為停靠天耀輕鐵站旁的「天耀邨耀盛樓」分站。
1998年5月25日下午，大欖隧道正式通車，這意味由元朗或天水圍來往市區的時間可以縮短，而且無需再受屯門公路擠塞之苦。翌日，69M線連同大部份來往元朗或天水圍至市區的路線，不再途經屯門，而改經大欖隧道。69M線由天瑞開出，沿原有路線後途經朗天路、元朗公路、青朗公路及大欖隧道，然後返回屯門公路並按原有路線到葵芳站。
在69M線改行大欖隧道同時，九巴提升此路線為全空調巴士服務。當時九巴會為改行大欖隧道，而且提升為全空調巴士的路線重新計算車費，新車費為原非空調巴士的1.25倍。當時69M線原本非空調巴士收費$7.3，即新收費為$9.1，比原本空調巴士收費$10.2還要低。
2014年11月29日，九巴在天水圍重組多條M線服務。當中69M線由天瑞延長至天水圍市中心，途經天頌苑、天富苑、天悅邨及天華邨。往葵芳方向，仍然繞經天瑞總站，但往天水圍方向則改停天瑞輕鐵站旁的分站。同時，69M線往天瑞方向，原本的天水圍警署分站改為向後移往天盛苑，即天盛商場門口分站。
增設多項優惠，遍佈全港多區
當元朗及天水圍大部份九巴路線改經大欖隧道往市區同時，九巴在大欖隧道收費站推出轉乘優惠。往市區方向，69M線乘客可以在大欖隧道轉車站下車，並向車長索取轉車票，乘客憑轉車票轉乘其他九巴路線，可以免費轉乘其他路線往荃灣及葵青區，以及以優惠價轉乘其他往九龍及港島的路線。往天水圍方向，乘客在大欖隧道轉車站下車，同樣可以向車長索取轉車票，便可免費互轉九巴的元朗及天水圍路線，或以優惠價轉乘279X線往北區。此優惠其後因應八達通收費在全部九巴路線推行而改為只限八達通轉乘，而且可以在大欖隧道後的分站才轉車，同樣獲得轉乘優惠。
另外，69M線在2000年代增設其他荃灣及葵涌短途路線轉乘優惠，如31、32M、36、235M及238M線。這些短途線的收費，部份比九巴提供的轉乘優惠金額低，故可能出現乘搭兩程車時，總車費會比直接乘搭一程車為低。
2013年，九巴多次重組路線，推出多項轉乘優惠補償受影響的乘客。先是九巴在荃灣區取消32B線，並重組36線走線，部份往梨木樹方向的乘客會受影響。九巴增設69M線轉乘48X線的轉乘優惠，乘客在大窩口站轉乘往沙田方向的48X線，次程近乎免費。此轉乘優惠旨在方便受36線更改路線影響的乘客，但車長不會理會乘客是否乘搭往沙田。因此，此組轉乘優惠製造了天水圍往沙田車費比269D低了一截的現象，由於269D線需要途經元朗大馬路才到大欖隧道，因此即使由69M線轉乘48X線往沙田，行車時間會和一程過269D線到達城門隧道差不了多少。
2014年，經由大欖隧道及荃灣往青衣的251M線改為只在平日繁忙時間開出三班車，並縮短至以荃灣站為總站。其實，早在2013年9月，同樣性質的263M線由於客量極低，加上屯門公路轉車站啟用而停止服務。九巴為彌補受此影響，需要往大河道及楊屋道的乘客，加設69M線與41M、42M及243M線的轉乘優惠，讓原本天水圍的乘客可以繼續以原車費往返荃灣區不再受大欖隧道線覆蓋的地區，同時擴大轉乘往青衣的範圍。其實，來往天水圍及青衣的264M線在2014年11月22日取消，天水圍的乘客除可以在大欖隧道轉乘68E或279X線往青衣外，還可以先乘搭69M線到荃灣使用本段所指的轉乘優惠。
2020年，九巴在屯門及元朗兩區部份車站安裝八達通車費回贈機，準備在部份路線往市區或北區方向加設屯門及元朗區內雙向分段收費。最終經運輸署申請後，在2020年8月8日在屯門、天水圍及元朗並17條路線增設區內雙向分段收費。
69M線為17條指定路線當中的其中一條，乘客使用八達通卡，乘搭69M線往葵芳方向，會先在上車時扣除全程車費。到了設有八達通車費回贈機的車站下車，並再次確認八達通卡，可享雙向分段收費，即會回贈多收車費。此舉乘客可以在輕鐵以外，有多一個選擇往來天水圍區內。九巴在2020年9月開始，在69M線的路線牌中，加開分頁宣傳由天水圍市中心至天祐的八達通分段收費$4.3的顯示，直至2021年4月調整車費為止，並在天水圍多個車站掛上宣傳牌，以及巴士車尾的廣告，讓乘客知道此優惠。
用車演變史
69M線開線時已是「冷熱混合」模式行走，即空調巴士及非空調巴士會同時行走，直至改行大欖隧道為止。非空調巴士主要使用11米版本的三軸巴士如利蘭奧林比安(S3BL)。空調巴士最初使用11米版本的丹尼士巨龍(AD)，直至1998年改行大欖隧道，同時提升至全空調巴士服務，路線改用12米版本的同款車(3AD)，另加富豪奧林比安(3AV)。
特低地台巴士方面，69M線在2008年才加入行走，為天水圍線中最遲正式以特低地台巴士行走的路線。最初使用12米版本的富豪超級奧林比安(3ASV)以及ADL Enviro 500型(ATE)，其後加入Neoplan Centroliner型(AP)作為掛牌車。
到了2010年代，九巴多次購買歐盟五期排放標準的富豪B9TL型(AVBWU)及ADL Enviro 500 MMC型(ATENU)，69M線開始主力使用此兩款巴士行走，後者更是至本文發出為止，全線使用的掛牌車。2020年7月，69M線獲批准使用12.8米巴士行走，但至今仍未有12.8米巴士作為掛牌車。
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