行車片段:
背景
天水圍有過海巴士路線，要在1992年說起。1992年6月，嘉湖山莊開始入伙，城巴非專利部獲得長江實業邀請，開設嘉湖山莊的居民冷氣專車，其中一條為903R線，來往嘉湖山莊及中環。而天水圍首條專營過海路線為九巴369線，在1994年開辦，星期一至六開出一班，單向由天瑞往上環，途經朗屏。由於當年屯門公路及紅磡海底隧道經常擠塞，兩線均途經新田公路、吐露港公路、大老山隧道及東區海底隧道。
西區海底隧道在1997年4月30日下午通車。翌日，九巴在屯門區開辦960線，每日全日來往屯門建生邨至灣仔碼頭。自從960線開辦後，屯門、天水圍及元朗區的乘客紛紛到屯門轉車過海，導致960線經常爆滿。1997年10月，為減輕960線的負擔，除九巴分別在屯門及元朗開辦西隧路線961及968外，城巴在1997年10月19日在天水圍開辦專利過海路線969，來往天水圍市中心及銅鑼灣摩頓台。自此以後，天水圍有更直接的過海途經，使九巴369線在1998年，因客量急降而停止服務。
路線演變史
和968線一樣，原本969線計劃在大欖隧道通車時才開辦，但由於天水圍居民在960線開辦轉往屯門轉車過海，導致969線需要提早開辦，減輕960線負擔。969線在天水圍途經天水圍南，主要途經天水圍市中心、嘉湖北、天瑞及天耀，並利用洪天路駛入元朗公路南行及屯門公路，於屯門不設分站，然後駛入荃灣路、葵涌道、青葵公路及西九龍公路往西區海底隧道。1998年5月26日，配合大欖隧道通車，969線改經大欖隧道、汀九橋、長青公路及長青隧道後返回青葵公路，不再途經荃灣路及葵涌道，同時調低全程車費。另外，天水圍段亦陸續改為途經朗天路，不再駛入屏廈路及洪天路。
港島區路線方向，最初兩個方向途經干諾道中、德輔道中、金鐘道、軒尼詩道、怡和街及高士威道往摩頓台。1998年10月，往港島方向改經民吉街、夏愨道及紅棉路，減輕德輔道中一帶的交通負荷，並在2016年加停西海防街分站，但停靠該站後不能直行干諾道中，需要駛入西消防街返回原路。
設多項轉乘優惠，曾有全港首個跨公司轉乘
969線在1998年接受八達通卡付款。在八達通卡在城巴全面通行後，城巴開始推行多項八達通轉乘優惠。包括免費轉乘西區路線如5B、10等，方便前往港島西或北角一帶的乘客，並設有11線的轉乘優惠，乘客可以使用優惠價轉乘11線往渣甸山一帶。
2000年12月，全港首個跨巴士及鐵路公司的八達通轉乘優惠在天水圍推出。九巴、龍運巴士、城巴和九廣鐵路合作推出天水圍北往市區及北大嶼山的轉乘優惠計劃。天水圍北往港島的乘客先乘搭九鐵巴士659線到天水圍市中心總站，使用同一張八達通卡轉乘969線往港島，可獲$1.5的車資優惠，相反方向亦然，但只限由港島區或西區海底隧道上車的乘客才可享受此優惠。此轉乘優惠在2004年1月，輕鐵天水圍支線通車後，九鐵取消659線而終止。其實，九巴的大欖隧道轉乘優惠，乘客可以先乘搭265M或269M線到大欖隧道轉乘968線，甚至城巴在2002年開辦967線，來往天水圍北至港島區，並在2003年提升為每日全日服務，並在港島區加設其他城巴路線的轉乘優惠往灣仔區，已可取代本段提及的跨公司轉乘優惠。
另外，2006年7月開始，九巴、新巴和城巴合作在三條過海隧道聯合推出轉乘優惠。969線的乘客可以在西區海底隧道往港島方向車站，轉乘其他西隧路線(但不包括機場A線)，可享$5車費優惠。此優惠可以方便乘客前往南區。
2020年，新巴及城新在西區海底隧道推出反方向轉乘優惠。乘搭969線到西區海底隧道收費廣場港島方向下車，再步行往對面往九龍的車站轉乘城巴970、970X、971或973線往九龍方向，次程可享免費轉乘優惠，而相反方向則合共收取原969線全程車費。不過，天水圍居民可以在天水圍或大欖隧道乘搭九巴69X、265B或269B線往旺角至尖沙咀，而且車費較低及更直接，故新巴及城巴的轉乘優惠似乎作用有限。
重組服務，往港島晚間南北合併
2021年8月15日，城巴重組港島區過海路線服務。配合967線往港島方向，每日尾班車提早至6時30分開出，969線往港島方向，於晚上6時40分(星期六為6時45分)後的班次，改由天恩邨開出，途經原967線沿線車站後，駛往天水圍市中心後直接駛往翠湖居分站，並返回原有路線。由港島開出的班次，則仍然全日以天水圍市中心為總站。
用車演變史
969線最初長期以12米版本富豪奧林比安型作主力。最先是1997年出牌的版本(5XX)，到了1998年，更新出牌的同款巴士(6XX)出牌，即成為969線主力用車。最初6字頭的版本座位並沒有頭枕，但城巴考慮到6字頭版本主要行走長途線，故和部份5字頭版本互換座椅，最後部份後期的6字頭版本變為有頭枕版本，改善乘客乘車舒適度。
到了1999年，城巴市區版的丹尼士三叉戟型(2262-2301)投入服務，969線間中會有此型號用車。其實，城巴在1997年接收樣版巴士時，其中一輛(2100)最初曾在969線行走，直至1998年7月，城巴開始營運機場A線，而2100的豪華程度被城巴列入城巴機場快線用車，最終969線不再使用此車。
2002年，城巴有四輛巴士被鬆上當時的母公司捷達集團的車身色彩。當中三輛雙層巴士，包括一輛富豪奧林比安(656)、一輛MAN 24.310(2500)及一輛Scania K94UB型(2800)，曾成為969線的主力用車。最終除了656外，另兩輛其後被調回市區行走其他路線。
2004年，城巴從新巴購入九輛歐盟三期的丹尼士三叉戟型(2302-2310)。最初此型號巴士主要行走新界西北的過海路線，當中包括969線。不過，自2007年7月1日，城巴深西快線B3及B3X開辦，並為此型號巴士安裝行李架，主要行走深西快線而開始減少出現在969線。
踏入2010年代，城巴的歐盟五期版本ADL Enviro 500型(8128-8319)投入服務，當中部份獲編配到屯門車廠，行走包括969線在內的屯門及天水圍路線。自此之後，969線部份用車改派此型號巴士，而6字頭的富豪奧林比安型比例開始減少。
到了2013年，城巴12米版本ADL Enviro 500 MMC型(8320-8506)開始投入服務，969線亦開始陸續使用此型號巴士作為主力。運輸署在2014年資助城巴購買兩輛柴油及電力混合動力巴士，亦是此型號(8400-8401)，其中一輛最初會在969線作測試，最終由於測試結果不理想，而且載客量低，城巴在測試期完成後，把該兩輛巴士全部調回港島區繼續行走其他路線。
969線為城巴早期獲運輸署批准行走12.8米的路線之一。2015年，城巴接收的一輛12.8米版本的富豪B9TL型(6500)投入服務，最初城巴規定只能行走969系列以及B3及B3X線。同時，12.8米版本的ADL Enviro 500 MMC型(6300-6497)在969線的比例陸續增加。由2016年開始，運輸署在銅鑼灣怡和街實際低排放區，規定行走該處的專營巴士必須為歐盟四期或以上排放標準，並在2020年收緊至歐盟五期。因此，969線現時主要以本段所指的巴士行走。
馬拉松及社會事件，使路線多次改道
渣打馬拉松在90年代開始舉辦，在每年的農曆新年前後開跑。踏入2000年代，汀九橋至西區海底隧道南行會被用作跑道而封閉。賽事期間，969線往銅鑼灣方向會在離開大欖隧道後改經屯門公路、荃灣路、葵涌道、西九龍公路及紅磡海底隧道，回程則維持不變，直至賽事完結為止。
2014年，香港爆發社會運動，金鐘及銅鑼灣多處被示威者佔領。最初時金鐘道、紅棉路、夏愨道及告士打道被佔領，很快便擴展至銅鑼灣怡和街。969線最初在港島區只設西消防街一站，然後掉頭返回皇后街載客返回天水圍。數日後改為在中環掉頭，往中環方向改經德輔道中，並在砵其乍街(交易廣場對面)掉頭返回天水圍。
其後金鐘道重開，怡和街只有往東區方向仍然被封，969線往港島方向除了繼續改經德輔道中外，亦會改經軍器廠街天橋及告士打道，並經維多利亞公園上橋往摩頓台，往天水圍方向則恢復正常。最終到了2014年12月，金鐘一帶因法庭命令而清場，銅鑼灣為最後一個清場地區，往港島方向才回復正常。
2019年6月開始，香港爆發反對逃犯條例的社會運動，港島區及天水圍均多次被示威者堵路破壞，導致969線需多次改道、縮短路線、改經紅磡海底隧道，甚至暫停服務。
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