背景
踏入2010年代，元朗南開始發展，並有多個私人屋苑相繼落成，例如翹翠峰和譽88等等。不過，十八鄉路的公共交通配套卻不足夠，只在元朗公園附近有港鐵巴士K68線能夠到達，其他地區只有專線小巴路線。因此，在2012/13年度的元朗區巴士路線發展計劃中，建議縮減客量偏低的268B線服務時段，並開辦新路線，來往元朗南至八鄉路，方便當地乘客前往大欖隧道轉乘其他往市區的路線。
由元朗區內線開始
不過，元朗區議會反對縮減268B線班次，故建議作出修訂，並在2013年5月19日開辦新路線68E，循線來往八鄉路至元朗公園，經元朗公路往十八鄉路，並在元朗公園折返。雖然元朗南已開始有專營巴士服務，但客量卻十分低，在2014年路線延長前，非繁忙時段平均僅4%載客率，即使繁忙時間也只平均不足30%載客率。在68E線開辦前，元朗南的新屋苑皆為私人屋苑，他們自設居民穿梭巴士來往屋苑至元朗市和附近的港鐵站，故客源主要都是附近的鄉村，故客量偏低。
路線重組，大幅延長至青衣
2014年11月22日，九巴正式實行元朗區區域性巴士重組計劃。當時來往天水圍至青衣的264M線由於在天水圍至元朗段路線過於迂迴，而且班次難以預計，導致客量偏低，故取消該路線，元朗至青衣的路線重組如下:
(1) 68E線大幅延長路線至青衣站，並改為十八鄉路轉入鳳麒路及青山公路，到形點後跟回前264M線走線往青衣站。
(2) 提升全程車費至$11.1，即原264M線的車費。不過，此車費調整會使只來往元朗區乘客不利，故九巴提供八達通即日來回優惠，根據兩程車的上下車地點給予車費優惠，使他們的總車費不會高於重組前的兩程車費總和。
(3) 延長路線後首三個月提供往元朗方向車費優惠，68E線乘客在大欖隧道轉乘其他元朗區路線，會提供回贈車費優惠，兩程車合共只收取$10。
延長路線後，雖然非繁忙時間每30分鐘才一班車，但比較容易預計時間等候，加上此路線取道汀九橋直接到達青衣，比同是來往元朗區至青衣的68A線，需要先途經荃灣才到青衣直接，故會有乘客特地等此路線。另外，天水圍和元朗其他地區的乘客可以在大欖隧道免費轉乘68E線，故68E線在路線延長後客量有所提升。
此路線曾被建議元朗區改經元朗大馬路，配合68F線在2016年5月提升為全日服務，但最終被否決。
用車演變史
在路線延長至青衣前，由於客量偏低，故最初由派出Enviro 400型兩軸雙層巴士(ATSE)轉為單層巴士，節省資源。單層巴士主要是12米的Scania K230UB型(ASC)和富豪B7LE型(AVC)。
在延長路線後，68E線重新使用雙層巴士，最初主要重新使用Enviro 400型(ATSE)。到了2015年，路線開始使用12米雙層巴士作掛牌，最初多以載客量較低的型號如Wright車身的富豪超級奧林比安(AVW)以及ADL Enviro 500型(ATE)作掛牌車。
由於九巴近年作風是希望利用較省油的巴士型號行走快速公路路線，故近年均以較新的車型行走。直至本文發出為止，路線主要使用ADL Enviro 500 MMC型12米巴士(ATENU)行走。