(此文部份相片由Alex Wong提供及借用，在此感謝他的支持)
背景
深圳灣口岸在2007年7月1日正式啟用，城巴投得的B3線也在同日投入服務。B3線來往深圳灣口岸至屯門碼頭，最初巴士到達屯門後，第一個分站在兆康苑，之後一直在建生、大興、山景及屯門站後才到達屯門市中心，後再駛入置樂花園及三聖邨，再到豐景園、龍門居及蝴蝶邨才到屯門碼頭。這個走線導致屯門市中心以南地區的乘客認為十分浪費時間，寧願多花一程車費在屯門市中心轉乘走線直接得多的B3X線來往深圳灣口岸，導致B3線在屯門市中心後的客量低。屯門區議會一直向城巴有訴求，除了爭取B3X線在沿途加設分站外，還爭取B3線分拆路線。
最終，城巴在2008年8月重組B3系列路線，當日起B3線屯門段只保留屯門碼頭至屯門市中心沿途分站。當巴士駛到屯門市中心站後，會直接駛入快速公路往深圳灣口岸。至於屯門市中心後的地區，則由新路線B3A線取代，而B3A線則加經富泰邨。
B3A線來往山景邨至深圳灣口岸，不過並非九巴57M和961線的總站(即旺賢街)。最初B3A線的總站設於輕鐵鳴琴站，往山景方向途經震寰路，並在卓爾居設站。後期的走線改為在山景邨景樂樓為總站，並會駛入山景邨通道，並改為雙向途經石排頭路。此路線一直維持至今。
此路線的開辦，方便了原屯門南部的B3乘客可以更快到達目的地，而B3A線乘客可以自成一線。另外，自深圳灣口岸啟用後，開始出現往屯門區中小學就學的跨境學生，B3A線在上下課時間可以做到此類乘客。
原B3線設有的雙向分段收費亦在B3A線開線後轉移至B3A線。B3A線的全程收費最初為$11(2019年加價時加至$11.8)，在兆康或富泰上上車可享雙向分段收費$9($9.7)，往深圳灣口岸方向可以使用現金繳付，但由深圳灣口岸開出班次則必須使用八達通，並在富泰或兆康的分站下車再次確認八達通才可使用此分段收費。
用車演變史
和其他城巴深圳灣口岸的路線一樣，B3A線最初使用購自新巴的二手丹尼士三叉戟型(2302-2310)，以及歐盟四期排放標準，直樓梯設計的Enviro 500型(8100-8109)行走。此兩款車均按政府要求，在車上設有行李架，以及安裝報站系統。
不過，由於深圳灣口岸往屯門區路線需求高，單靠以上兩款車款並不足以應付，故B3A和其他路線一樣，間中會使用富豪奧林比安型(636-699)，以及都普車身的丹尼士三叉戟型(2262-2301)，在有需要時作支援使用。踏入2010年代，城巴歐盟五期排放標準的Enviro 500型(8110-8319)陸續投入服務，間中會有此批次的Enviro 500型行走B3A線。
到了2013年，城巴的Enviro 500 MMC型12米(8320-8506)陸續投入服務，最初較少在B3A線出現，直至2015年，其中16輛配行李架(8491-8506)的同款車投入服務，此款車開始成為B3A線的新主力用車，並把舊車調到港島市區線行走。當B3A線在2010年代後期獲批准使用12.8米巴士，當中有九輛歐盟六期排放標準的同款車(6444-6452)有配備行李架，亦成為B3A線的主力用車。
疫情肆虐，路線暫停服務
COVID-19在2019年12月在中國大陸開始大規模爆發，並在2020年1月導致香港出現首宗確診個案，其後更不斷出現新個案。政府在2020年2月8日開始，規定除獲豁免的必要人士外，所有由中國內地入境香港的人，在入境時必須申報住址或入住酒店，並在入境後兩小時內到達申報地點，進行14天的家居檢疫隔離。自此以後，經由深圳灣口岸入境人數大幅減少，城巴在深圳灣口岸只保留B3X線繼續行走。B3A線由當日起暫停服務。
香港和內地的免檢疫通關於2023年1月8日開始，更於2月6日起，除非前往內地前7天內曾到訪海外或台灣地區，否則不用再提交核酸檢測報告。另外，跨境學童於2023年2月起分階段恢復回校上課，並於2月22日起全面恢復。為配合跨境需求，B3A線於2023年2月20日重投服務，最初只維持星期一至五每邊開出兩班車，深圳灣口岸於早上7時及7時15分，及山景於下午3時45分及5時15分開出。同時，路線於山景將不入山景邨邨內，改於石排頭路近山景邨景麗樓作總站，以回應山景邨不入邨的訴求。