背景
早在1999年，因應當年羅湖關口的需求殷切，故批准九廣鐵路興建落馬洲支線。經過多番波折，落馬洲支線在2007年8月15日正式啟用，同時福田口岸正式通關。最初政府計劃落馬洲站和羅湖站一樣，只准九廣東鐵的乘客使用，最後經過議員爭取下，政府最終讓步，容許其他交通工具的乘客前往。
因此，政府在2007年就落馬洲支線及同年啟用的深圳灣口岸路線，邀請各巴士公司招標。落馬洲支線的巴士線來往元朗西鐵站至落馬洲站，途經元朗大馬路，最終由九巴投得，路線編號為B1。實際上，九巴是第二次使用B1路線編號，第一次是在1994年12月開辦的「彌敦購物線」，來往太子地鐵站至尖沙咀碼頭，最終在2003年1月1日停止服務。
最終B1線在2007年8月15日，配合落馬洲支線及福田口岸啟用而投入服務。
特別為用車安裝行李架
政府要求行走邊境路線的巴士，必須安裝行李架，方便遊客。九巴在2007年為其購買的富豪B9TL型，配Enviro 500車身的巴士(AVBE)出牌。當年九巴大多編配此型號巴士到行走彌敦道、中環或銅鑼灣的路線，但有部份MV牌巴士出牌後一直沒有投入服務，反而在車上安裝行李架，作為B1線的掛牌車。同時，九巴一輛當年配備歐盟四期的Enviro 500型巴士(ATEU1/MJ2927)亦由荔枝角車廠調往屯門車廠，並安裝行李架，作為B1線的掛牌車。
隨著更多的歐盟四期Enviro 500型巴士在2009年開始出牌，九巴把ATEU1拆除行李架並調回荔枝角車廠。同時，九巴在部份ATEU下層加設行林架，作為B1線加車之用。
九巴在2014年開始試用12.8米巴士，使用12.8米巴士的路線必須先行試車及向運輸署申請，運輸署批准路線申請後才能使用12.8米巴士行走該路線。B1線在2015年第一季獲運輸署批准使用12.8米巴士。最初12.8米巴士只是作臨時支援之用，同年第三季，更多12.8米Enviro 500型MMC巴士(3ATENU)出牌，部份巴士安裝行李架，作為B1線最新的掛牌車，原12米掛牌車在必要時會繼續行走B1線。
不過，由於B1線的客量一直上升，因此九巴經常性開出無行李架的巴士作支援之用，有時更需要使用其他分廠的巴士行走，以星期六及假日，以及農曆新年前為甚。
元朗西鐵站時期
B1線開辦後，和所有元朗區的九巴路線均有提供轉乘優惠，唯不包括968線，但與龍運巴士E34系列(即現時的E36及E37系列)有提供轉乘優惠。最初優惠金額為$3.5，之後九巴多次加價，現時的優惠金額為$4.2(由龍運E36及E37系列轉乘為$4)。
此路線的全程收費最初為$11，另設分段收費$10。不過，九巴在首年提供車費優惠，全程收費減至$10，分段則為$9，另設預繳車費優惠，去程時預繳回程車費，兩程車費共$18。
不過，九巴B1線初期的客量不高，並表示平均載客率只有30%。當時除了九巴B1線外，還有專線小巴75線亦可由元朗來往福田口岸，當時75線的車費只需$6，比九巴B1的$10車費更便宜。雖然75小巴線需要途經青山公路錦繡花園一帶，但乘客普遍會使用75小巴線往福田口岸。
延長路線，加經天水圍
最終九巴獲運輸署批准，在2008年6月把B1線延長至港鐵天水圍站，並加經天耀邨、賞湖居和天慈邨，並在元朗改為相反方向行走。全程及分段收費仍然不變，並保留優惠收費，但改為來往天水圍者付全費，而來往元朗者則有分段收費，另往天水圍方向加設元朗往天水圍的短途分段收費。最終九巴逐步減少優惠金額，使優惠收費及正價差距收窄，並在2013年1月1日起取消優惠收費，全程以正價收費。
天水圍的總站在2014年11月更改。當時九巴多條天水圍路線進行重組，其中一項是B1和276P線互調天水圍段總站。自此以後，B1線改以天慈邨為總站，並在天水圍更改行車方向。同時，因應乘客量增長，以及B1線的客源主要在元朗大馬路一帶，B1線另增開特別班次，由山水樓開出往落馬洲站。
最終延長路線後，成功吸引新客，加上自由行人數增加，以及以福田口岸為總站的深圳地鐵4號線在2011年延伸至龍華區，途中在深圳北站設有分站，方便轉乘高鐵和其他跨省鐵路。因此更多乘客會使用B1線，經福田口岸及深圳地鐵4號線接駁鐵路往中國大陸其他省市。
加經落馬洲，方便其他地區乘客
九巴在2015年，九巴先在部份時段安排B1線停靠青山公路新田段的落馬洲站(即皇巴站位置附近)。此舉能方便其他地區的乘客可以在乘車往落馬洲，轉乘B1路線往福田口岸過關。此安排在2017年改為全日實行，其後更加設龍運巴士A43P線優惠，兩程車只合共只收取A43P線車費，方便機場過境人士利用A43P轉乘B1線往福田口岸過關往中國大陸。
社區問題
2003年，非典型肺炎肆虐。疫情過後，中國推出「自由行」政策，部份省市居民往香港旅遊的手續簡化。深圳市居民在2009年4月開始，亦可透過「一簽多行」政策，在獲得簽注後一年內可無限次來往香港。
正因為「一簽多行」政策，使大量深圳居民來港，他們有部份會利用福田口岸前往元朗大馬路一帶購買日用品，例如奶粉和藥物，有些更會購買金器。自此元朗大馬路一帶的商舖，多次配合遊客開設的店舖，例如藥房。
由於有大量內地居民在元朗購物，並即日返回深圳，這無疑能提升九巴B1線的載客量。不過這引申問題，就是B1線往落馬洲站方向，除乘客外，更有大量貨物上車，部份甚至超出巴士容納行李的體積。尤其是港鐵東鐵線在2013年收緊行李限制上限至23公斤後，更多水貨客改用B1路線多次帶貨往返中國大陸。因此，九巴需要安排職員在元朗B1沿線分站駐守，以維持秩序，並當巴士接近滿載時，車長會指令乘客「只上人，不上貨」。
水貨客的問題最終在2015年第一季的元朗，爆發「光復元朗」行動，示威者向來自內地的遊客不禮貌對待，並曾進行過遊行行動。最終內地政府把「一簽多行」改為「一周一行」，限制深圳市居民每周只能來港一次，但最終水貨客問題仍未能完全解決。
另外，九巴在2018年3月推出九巴月票。原本九巴月票持有人每日可以乘搭十程九巴路線，但為了防止水貨客利用月票乘搭B1線，多次往返內地和香港，九巴限制每張月票每日只可乘搭兩程B1線，即來回一次，但不計算在其他路線的十程限額中。
新冠肺炎肆虐，路線停駛
COVID-19在2019年開始在中國大陸肆虐，香港首宗確診病例在2020年1月發生，及後開始有更多香港的感染宗數。其後香港人不斷要求政府封閉陸路邊境口岸，禁止客運人士過關，但政府一直拒絕。最終在2020年2月，政府才局部封閉邊境陸路口岸，其中福田口岸在2020年2月4日起暫停使用。因此，B1路線在當日起暫停服務。
2023年1月8日，香港與內地開始首階段免檢疫通關安排，福田口岸於當日起重開，B1線亦於同日起恢復服務。為此，九巴在其他分廠調撥六輛前屬龍運巴士的ADL Enviro 500 MMC型到屯門車廠(元朗分廠)，以其仍配行李架的特點，作為B1線的部份主要用車。
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