背景
元朗(東)現站位於朗樂路現時新元朗中心旁，在1988年啟用。同時，政府在元朗興建輕鐵網絡，同時在巴士總站旁興建有3個月台的輕鐵元朗總站。輕鐵元朗總站在1993年配合新元朗中心底下的新總站啟用而搬往該處，而巴士站則繼續沿用至今，但規模已不及當年，而且為配合發展新一期Yoho Town而把大部份位置封閉，並改為只作分站用途。
啟用初期: 多條九巴和輕鐵接駁巴士進入總站
在總站啟用初期，多條九巴及輕鐵接駁巴士路線在元朗(東)巴士總站作總站，分別是九巴53、55、61A、63、63A、68及68X線駛入。
1998年9月，輕鐵接駁巴士路線相繼投入服務。當中九巴55線改為655線，此路線一直在元朗(東)作總站維持直至2003年，路線編號改為K65繼續行走。另外往大棠的656線最初以元朗(東)為總站，直至1991年改以元朗工業邨作總站，自此不再駛經元朗(東)。而洪水橋循環線657線最初亦有在元朗(東)為總站，但同年11月改為只在洪水橋一帶循線行走。配合輕鐵通車，九巴61A、63和63A線取消。
精選圖(655/K65)
九巴
到了1998年5月，三號幹線-大欖隧道段正式通車，九巴大幅重組元朗及天水圍區的巴士路線，大部份路線改行大欖隧道往返市區。當中九巴68線被取消，而68X線繼續以元朗(東)作總站。同日為彌補青山公路洪水橋至藍地段交通的不足，九巴開辦63M線，來往元朗(東)至青衣機鐵站，途經洪水橋至華都花園，並在2002年改為特快線，在青衣只設青衣機鐵站一站。不過，由於改路線後容量不足，九巴在西鐵通車後兩個月，即2004年2月取消63M線，由同是途經洪水橋至華都園的68A線延長至青衣機鐵站取代。
精選圖
到了2007年6月，九巴68X線元朗區總站改為洪水橋洪元路，並在元朗區更改行車方向，不再途經元朗(東)總站。自此該總站只餘下九巴53線仍在該處作總站。
精選圖
至於53線，此路線在2017年5月亦配合物業發展，路線改以元朗站公共交通交匯處為總站，並在2019年12月改以形點I為總站。
精選圖
現時元朗(東)總站變為只作分站用途，主要是68F線往元朗公園方向停靠此站。
龍運巴士
在赤鱲角機場在1998年7月啟用後，龍運巴士開設多條通宵巴士路線，方便通宵時段到港的航班乘客及機場下班員工，以及清晨及早上早段離港航班的乘客及機場上班員工。當中N30線在1998年11月開辦，來往元朗(東)及東涌站，到達北大嶼山後會先途經機場及後勤區。此路線途經元朗、天水圍及屯門居民密集的地區，並在2015年6月開設N30S線，在屯門採取直接走線，只途經紅橋至華都花園便進入快速公路。兩線一直利用元朗(東)為總站，直至2017年5月，和九巴53線同時改往元朗站公共交通交匯處作總站。
九鐵/港鐵巴士
除上文所講述的655/K65線外，九鐵在2006年配合輕鐵取消761線並提升761P線為每日全日行走外，還重組K74巴士線，以及開設臨時路線K73P線。
K73P線在2006年10月9日開辦，在星期一至五早上繁忙時間單向由天逸往元朗(東)，並租用冠忠巴士旅遊巴士行走。此路線經過多次反對取消的聲音下一直營運，並在2007年12月過渡到港鐵，最後港鐵在2010年8月以第四期輕鐵列車陸續投入服務為由取消K73P線。
至於K74線，九鐵在2006年10月9擴展服務範圍，元朗區本來以博愛醫院作為循環點，但最終改為元朗(東)作為循環點。最後，K74線在2017年4月配為朗善邨入伙而延長至凹頭為循環點，不再駛入元朗(東)總站。
在元朗(東)總站運作期間，如輕鐵元朗段因事故而暫停服務，輕鐵會安排緊急接駁巴士行走，可以是租用九巴營運緊急路線，或由九鐵/港鐵巴士行走。例如在2013年5月17日下午約4時半，輕鐵761P線列車在灰沙圍轉入塘坊村站時，因超速轉彎導致列車出軌。此事故導致輕鐵元朗段暫停，甚至是到了5月18日約早上8時才能恢復。期間輕鐵610、614、615和751線北面須臨時以洪天路緊急月台為總站，港鐵安排緊急接駁巴士，其中一條沿輕鐵沿線往元朗(東)總站。由於當日為公眾假期，K74線不設服務，因此港鐵當日在元朗(東)利用K74線上落客位置作為緊急接駁巴士上落客處。
精選圖
最終，港鐵巴士K65線在2017年5月，配合Yoho Town新一期興建而和九巴53線，以及龍運N30及N30S線一同改以元朗站公共交通交匯處作總站。