新墟仁政街近聖公會聖西門呂明才中學旁邊，原本是屯門球場和遊樂場。2001年12月，該處以及新發邨開始清拆，並成為屯門西鐵站及其公共交通交匯處。經過約兩年的興建，公共交通交匯處在2003年11月建成，九巴及九鐵巴士有部份路線陸續改經此總站，重點如下:
舊室外總站(2003年11月至2010年3月)
九巴
九巴先在2003年11月，總站開啟初期，先把59S、66M及961線往市區方向改為此站為中途站，在建安輕鐵站後沿杯渡路左轉河傍街，並以屯門站公共交通文匯處為中途站，不再途經雅都商場。往屯門方向則改為在公共交通交匯處旁自轉一周，再停靠德政圍站後經杯渡路駛往山景及大興。
精選圖:
66M
961
在西鐵通車後一個多月，即在2004年2月，九巴再把其中兩條原總站在屯門市中心的路線延長至新總站。兩線分別是61X和263線，前者以九龍城碼頭為總站，後者則以沙田站為總站。兩線往屯門方向，在安定邨後不再途經屯興路及屯門市中心總站，而是繼續途經屯門鄉事會路，並在屯門公園加設分站，之後駛經杯渡路和河傍街前往新總站。此安排一直維持至原總站關閉。
精選圖
61X
263
到了2004年4月，66線縮短路線，並更改屯門區路線。屯門區不再途經雅都花園，並改為和66M及961線一樣，往市區途經屯門站公共交通公匯處，往屯門則在德政圍加設分站。另外，66同時在屯門區加經安定至豐景園一帶，此為繼59A線在2004年2月取消非繁忙時間繞經該處的安排後，安定至豐景園一帶再次有直往葵涌的路線。另外，66線在市區總站由奧運站縮短至深水埗東京街，並在同年7月和過海路線118線對調總站，以深水埗欽州街作總站。
精選圖
龍運巴士
2005年8月，配合香港迪士尼樂園在2005年9月開幕，龍運巴士開設由屯門站開出，經屯門市中心至豐景園往迪士尼樂園的R33線。此路線上落車處並非設於總站上落客位，而是設於屯門鄉事會路入口處。另由於當時龍運巴士車隊不足，R33線初期使用九巴行走。
另一條以該站為總站的龍運巴士路線為A33線，此路線在2008年11月大幅更改屯門區路線，改由屯門站開出，經屯門市中心至豐景園往機場。當時A33線只在上午開出一班往機場，以及下午開出一班往屯門。
九鐵/港鐵巴士
九鐵在2003年12月開始，配合西鐵通車分階段重組其巴士路線。首條在屯門站公共交通交匯處的路線為K51線，在2003年12月14日由521和521P線重組而成。此路線在往富泰方向，會在屯門鄉事會路轉入屯門站上落客，方便乘客轉乘西鐵，後駛出屯門鄉事會路繼續載客。此安排一直維持至總站搬遷為止，但在後期改為經杯渡路及河傍街駛入屯門站。
精選圖
之後在2003年12月19日，即西鐵通車前一天，九鐵把原A52線改為K52線，北面總站改為屯門站，此安排一直維持。和K51線不同，K52線一開始便使用杯渡路及河傍街駛入總站。
精選圖
到了2004年4月，九鐵把原本屬臨時路線的506線升格為永久巴士路線，往友愛方向不再途經雅都商場，過輕鐵建安站後改為左轉河傍街轉入屯門站，之後返回德政圍繼續行程。
往屯門碼頭方向則繼續在屯門輕鐵站設站，不駛入西鐵站。
精選圖
最後則是K53和K58線。兩線在2005年3月開辦，前者以屯門站為總站，循線來往掃管笏。往屯門站方向和K52線一樣，一直利用杯渡路和河傍街駛入屯門站。後者則來往富泰至青山灣，往青山灣方向會繞經屯門站，而往富泰方向則不駛入，並停靠輕鐵屯門站。
精選圖
K53
K58
新總站
原露天總站在2010年3月14日關閉，之後用作發展瓏門和VCity。物業發展完成後，原總站位置成為VCity一田超市。同時搬至新總站，為一個室內總站，設於屯門站近C出口。總站搬遷後，各路線改動重點如下：
九巴
原在舊總站為終站點的61X和263線搬遷至新總站，往市區方向改經杯渡路往屯門市中心，並取消德政圍分站。263線以屯門站為總站一直維持至今，而61X則在2013年配合屯門區路線重組，總站改回屯門市中心，除了加經屯門公路轉車站外，行車路線回到2004年2月前。
精選圖(263)
同時，66、66M和961線亦改為來回程繞經新總站，取消德政圍分站。其後66線在2013年9月，因客量偏低，以及屯門公路轉車站已全面運作而停止服務。而66M線在2013年10月改為不再途經杯渡路和屯門市中心，改為青雲路而不再繞經屯門站。961線則維持至今。
精選圖(961)
在61X和66M線不再駛經屯門站的同時，九巴延長60M線往屯門站。60M線往屯門不再駛入屯門市中心總站，並在屯門公園設站，在報站時亦提醒往屯門市中心的乘客在該站下車。
2020年10月10日，九巴配合曾咀靈灰安置所啟用，於重陽及清明前後的星期六及公眾假期，增設56S線特別路線，來往屯門站及曾咀，配合前往曾咀拜祭的高峰期。此路線最初不設中途站，最終在2021年，中途增設龍鼓灘分站。
精選圖
263線分別在2018年4月和2019年5月開辦兩條繁忙時間行走的新支線，分別是往科學園的263A線，以及往大埔中心，並在2020年8月延長至大埔工業邨的263C線，兩線亦在屯門站開出。
龍運巴士
龍運巴士方面，迪士尼專線R33線在總站搬遷時亦搬入新總站，至今維持不變。
至於A33線，最初亦以新總站為總站，並在2016年8月提升為全日服務，分為經青山公路的慢版，以及不停青山公路的快版。最初快版會在車頭路線顯示牌註明是「特快」，如以長側牌及尾牌的車輛行走，慢版會間歇顯示紅黃金海岸，快版則會顯示不經青山公路。最後為免混亂，龍運巴士在2017年1月把兩個路線版本分為兩個路線編號，慢版繼續沿用A33線，而快版則更改路線編號為A33X。
A33和A33X線在提升至全日服務後，客量仍然偏低，主要是因為屯門區走線和E33線幾乎重疊，車費比E33線貴一倍，但即使是A33X線不停靠青山公路，也只節省約15至20分鐘時間。因此，龍運巴士在2017年12月更改兩線走線，A33線改以悅湖山莊為總站，不再途經屯門站；A33X則延長至富泰，來回程繼續繞經屯門站及返回原線繼續行走，直至2020年12月28日，配合屯門赤臘角隧道通車而更改路線，A33X改為只在往機場方向駛入總站，往富泰方向則在總站外設分站，並繼續沿屯門鄉事路及青山公路往富泰。
精選圖
港鐵巴士
港鐵巴士方面，在新總站啟用後，只有506線特別班次、K52線和K53線繼續駛入新總站。而K52線和K53線往龍鼓灘/掃管笏方向不再停靠德政圍分站。
精選圖(K52)
精選圖(K53)
至於506線正常班次以及K58線往青山灣方向，在駛離輕鐵建安站後繼續沿杯渡路行走，並在屯門站近C出口外面加設分站，之後右轉屯門鄉事會路直往屯門市中心。
而K51線往富泰方向，則不再駛入新總站。在輕鐵市中心站後繼續沿屯門鄉事會路行駛，並在新總站外面，青山天主教小學對面加設分站。
2021年9月，原食物環境衛生署提供，來往屯門站至曾咀的穿梭巴士停止運作。港鐵於2021年9月25日開辦新路線K52A，來往屯門站及曾咀，每天日間提供服務。現時此路線的上車站，於506線的特別班次下車位置。另外，港鐵於2021年7月26日開辦的K52S線，落客點亦在同樣的位置。
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